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臭氧消毒机与紫外线杀毒的不同之处，臭氧发生器工作中原理是：造成活性氧分子结构，活性氧分子结构能氧化分解细菌內部葡萄糖水需要的酶，使细菌消灭身亡，立即与细菌、病毒功效，毁坏他们的细胞结构和DNA、RNA，使细菌的基础代谢受到损坏，造成 细菌身亡。通过细胞质机构，入侵体细胞内，功效于外膜的蛋白和內部的脂多糖，使细菌产生渗透性崎变而融解身亡。而紫外线的原理是：紫外线照射微生物菌种时，便产生动能的传送和累积，累积結果导致微生物菌种的消灭，进而做到消毒杀菌的目地。
当细菌、病毒消化吸收超出3600~65000uW/c㎡使用量时，对细菌、病毒的去氧核醣核苷酸（DNA）及核醣核苷酸（RNA）具备强劲杀伤力，能使细菌、病毒缺失生存能力及繁殖率从而解决细菌、病毒，做到消毒灭菌成果。紫外线一方面可使核苷酸突然变化、阻拦其拷贝、基因表达封禁及蛋白的生成；另一方面，造成氧自由基可造成光学离，进而造成 体细胞的身亡。

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